Die Ben-Esra-Synagoge steht an einem heiligen Ort, weil hier der jüdischen Überlieferung zufolge der Prophet Elias erschienen sein soll und Moses dort angeblich als Säugling im Korb am Nilufer aufgefunden worden war. Es ist nicht auszuschließen, dass es an dieser Stelle schon in vorchristlicher Zeit ein jüdisches Heiligtum gab. Tatsächlich war hier schon einmal eine Kirche, und zwar die St. Michaels-Kirche aus dem 8. Jahrhundert. Um das Jahr 1115 soll der Jerusalemer Oberrabbiner Abraham Ben Esra gegen Bezahlung von 20.000 Dinaren die Kirche vom koptischen Patriarchen Alexander „zurückerhalten“ haben. Die Synagoge ist im Interieur üppig ausgestattet. Bei Renovierungsarbeiten wurde 1984 ein Archiv von 250.000 Buchfragmenten entdeckt, die in arabischer, aramäischer und arabischer Sprache verfasst sind, darunter eine hebräische Version des Alten Testaments.